Ambientada en 1987/83, el personaje principal es un niño. Éste se encuentra encerrado en su dormitorio con peluches de los animatrónicos principales de la saga —Freddy, Bonnie, Chica y Foxy—, siendo guiado por FredBear. En esta entrega hay personajes especiales que también son enemigos. Es el ejemplo de Plushtrap, Nigthmare, los mini-freddys y el cupcake. Cada noche, el niño sufre de pesadillas en las cuales está siendo atacado por los animatrónicos. . Después de que el jugador sobrevive a la primera noche, FredBear le dice al niño que "Él" se esconde en la casa, antes de que el niño se asustara por su hermano que llevaba una máscara de Foxy , que parece haber sido arrancada uno de los peluches del chico. Después de la segunda noche, el niño es abandonado en la pizzería, sólo para ser advertido por la voz de FredBear que "Él" se acerca y que él tiene que ser valiente; Sin embargo, el niño es sensible y el miedo de los animatronicos y las mascotas disfrazadas hace que termine llorando. Hay un Easter Egg durante esta escena que muestra brevemente al "Hombre morado" de la segunda y tercera entrega poniendo a alguien en el traje de Springtrap.

Después de la tercera noche, el minijuego revela que los amigos del hermano del niño piensan en él es un cobarde y un llorón, que siempre está siendo intimidado por otros niños, y que hay rumores de que los animatronicos vuelven a la vida en la noche e intentan asesinar a las personas. El niño, a su vez, ve a sus juguetes de peluche como sus únicos amigos y generalmente evita la interacción con otras personas en favor de ellos. Después de la cuarta noche, se revela que una vez fue encerrado en la sala del edificio de piezas y servicios como una broma. Si se completa la quinta noche, el niño se muestra llorando en su propia fiesta de cumpleaños en la pizzería. "Él" se revela como el hermano del niño, junto a sus amigos que usan las máscaras de los animatrónicos del primer juego para aterrorizar al niño. El grupo, decide jugarle una broma al niño, agarrándolo y lo ponen cerca de la boca de FredBear para un "beso" y terminan metiendo la cabeza del niño en la boca de FredBear. De repente, Fredbear cierra con fuerza su boca, lo que resulta que la cabeza del niño sea aplastada.

Después de la sexta noche, el niño oye una voz pidiendo disculpas, FredBear le promete que no importa cuántas veces se "rompa", él y los demás siempre estarán ahí para él y lo pondrán de nuevo juntos. Los personajes desaparecen, uno por uno, y el débil sonido de un monitor del corazón pueden ser escuchados, que termina el juego.

Si el jugador completa el modo "Nightmare", se muestra una imagen de un baul de metal bloqueado; si el jugador menea los candados, el juego finalmente dice "Tal vez algunas cosas son mejores dejarlas olvidadas, por ahora". Esto último fue explicado por Scott en su cuenta de Steam, según el habían cosas que quería incluir en el juego pero por cosas de tiempo y también para que no afecte la historia no las incluyó.